Ngày 10 tháng 8 năm 1991[1] thành lập Tổng Công ty Xuất nhập khẩu Tổng hợp Vạn Xuân (VAXUCO) thuộc Cục Vật tư, Bộ Quốc phòng.[2]
Ngày 26 tháng 7 năm 1994, Tổng Công ty được chuyển về trực thuộc Bộ Quốc phòng
Ngày 24 tháng 4 năm 1996, sáp nhập Chi nhánh phía Nam của Công ty Xuân Mai (XUMACO)-Tổng cục kỹ thuật về VAXUCO.
Ngày 5 tháng 6 năm 1996, Tổ chức lại thành Công ty XNKTH Vạn Xuân trực thuộc Bộ Quốc phòng
Ngày 8 tháng 6 năm 1999, sáp nhập Công ty Vật tư và dịch vụ xuất nhập khẩu (GAET) của Tổng cục Công nghiệp Quốc phòng về Công ty VAXUCO.
Ngày 12 tháng 8 năm 2010 Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ký Quyết định số 2947/QĐ-BQP chuyển Công ty Xuất nhập khẩu tổng hợp Vạn Xuân thành Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Xuất nhập khẩu tổng hợp Vạn Xuân
Ngày 23 tháng 8 năm 2011 Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ký Quyết định số 3033/QĐ-BQP thành lập Tổng Công ty Xuất nhập khẩu Tổng hợp Vạn Xuân hoạt động theo hình thức công ty mẹ - con trên cơ sở tổ chức lại công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Xuất nhập khẩu tổng hợp Vạn Xuân
Ngày 16 tháng 10 năm 2012 Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ký Quyết định số 3928/QĐ-BQP điều chuyển nguyên trạng Tổng công ty Xăng dầu Quân đội trực thuộc Bộ Quốc phòng về trực thuộc Tổng công ty Xuất nhập khẩu tổng hợp Vạn Xuân và ngày 18 tháng 10 năm 2012 Quân ủy Trung ương ký Quyết định số 606-QĐ/ĐU sáp nhập Đảng bộ Tổng công ty Xăng dầu Quân đội vào Đảng bộ Tổng công ty Xuất nhập khẩu tổng hợp Vạn Xuân
